GWAS及其可视化
Association testOverview
Genetic modelsTo test the association between a phenotype and genotypes, we need to group the genotypes based on genetic models.
There are three basic genetic models:
为了测试表型和基因型之间的关联，我们需要根据遗传模型对基因型进行分组。有三种基本的遗传模型：
Additive model (ADD)加法模型（ADD）
Dominant model (DOM)主导模型（DOM）
Recessive model (REC)隐性模型（REC）
info “Three genetic models”信息“三种遗传模型” For example, suppose we have a biallelic SNP whose reference allele is A and the alternative allele is G. 例如，假设我们有一个双等位基因SN ...
PCA在GWAS中的应用
Principle component analysis (PCA)PCA aims to find the orthogonal directions of maximum variance and project the data onto a new subspace with equal or fewer dimensions than the original one.
PCA旨在找到最大方差的正交方向，并将数据投影到一个维度等于或小于原始维度的新子空间上。
info “Steps of PCA”
example “A simple illustration of PCA”
Source data:
12cov = np.array([[6, -3], [-3, 3.5]])pts = np.random.multivariate_normal([0, 0], cov, size=800)
The red arrow shows the first principal component axis (PC1) and the blue arrow sh ...
PLINK工具用于数据的质量控制QC
PLINK basics(PLINK基础)In this module, we will learn the basics of genotype data QC using PLINK, which is one of the most commonly used software in complex trait genomics. (Huge thanks to the developers: PLINK1.9 and PLINK2)用PLINK解决基因数据的质量控制问题
Table of Contents
Preparation
PLINK 1.9 & 2 installation
Download genotype data
PLINK tutorial
Calculate the missing rate and call rate
Calculate allele frequency
Hardy-Weinberg equilibrium exact test
Applying filters
LD-Pruning
Calculate the inbreedin ...
计算机组成
第一章 计算机系统概述本章知识回顾
本章总结1)计算机由哪几部分组成?以哪部分为中心?计算机由运算器、控制器、存储器、输入设备及输出设备五大部分构成，现代计算机通常把运算器和控制器集成在一个芯片上，合称中央处理器。
在微处理器面世之前，运算器和控制器分离，而且存储器的容量很小，因此设计成以运算器为中心的结构，其他部件都通过运算器完成信息的传递。随着微电子技术的发展，同时计算机需要处理、加工的信息量也与日俱增，大量IO设备的速度和CPU的速度差距悬殊，因此以运算器为中心的结构不能满足计算机发展的要求。现代计算机已发展为以存储器为中心，使 IO 操作尽可能地绕过 CPU，直接在IO设备和存储器之间完成，以提高系统的整体运行效率。
2)主频高的 CPU 一定比主频低的 CPU 快吗?为什么?
衡量CPU运算速度的指标有很多，不能以单独的某个指标来判断CPU的好坏。CPU的主频表示CPU内数字脉冲信号振荡的速度，主频和实际的运算速度存在一定的关系,但目前还没有一个确定的公式能够定量两者的数值关系，因为CPU的运算速度还要看CPU的流水线的各方面的性能指标(架构、缓存、指令集、CPU的位数、 ...
计算机网络笔记
第一章 计算机网络体系结构1.1计算机网络概述1.1.1计算机网络的概念
由若干节结点（node）和链接这些节点的链路（link）组成。结点可以是计算机、集线器、交换机、路由器等
计算机网络
主要功能：数据通信（信息共享）、资源共享
|路由器连接|
互连网（internet）
多个计算机网络通过路由器互相连接而成
计算机网络的概念
|世界上最大规模的互连网|
可使用任何通信协议
互联网（Internet）
或译为因特网。特指全世界最大的计算机网络，由各大ISP和国际机构组建
使用tcp/ip协议族作为通信规则
ISP（Internet Service Provider），互联网服务提供商
其他拓展
集线器、交换机用于链接统一网络内的不同节点；路由器用于连接不同的网络
家用路由器=路由器+交换机+其他功能
1.1.2计算机网络的组成与功能
主机，即端系统（end system）–如电脑手机物联网设备
内部安装网卡
硬件
通信设备–如集线器，交换机，路由器
|将主机数据发到网络 ...
操作系统笔记
第二章 进程与线程2.1线程的属性①线程是处理机调动的单位。
②多cpu计算机中，各个线程可占用不同的CPU
③每个线程都有一个线程ID，线程控制块(TCB)
④线程也有就绪，阻塞运行三种基本状态
⑤线程几乎不拥有任何系统资源
⑥同一进程的不同线程间共享进程的资源。
⑦由于共享内存地址空间，同一进程的线程间通信甚至无需系统干预
⑧同一进程中的线程切换不会引起进程切换
⑨与⑧相反
⑩切换同进程内的线程，系统开销很小
⑪切换进程，系统开销很小。
2.2调度三种调度的联系对比
调度方法
细节描述
数据流动方向
发生频率
状态转换
高级调度（作业调度）
按照某种规则，从后备队列中选择合适的作业将其调入内存，并为其创建进程
外存->内存（面向作业）
发生频率最低
不存在->创建态->就绪态
中级调度（内存调度）
按照某种规则，从挂起队列中选择合适的进程将数据调回内存。
外存->内存（面向进程）
中等
挂起态->就绪态（阻塞挂起）->阻塞态
低级调度（进程调度）
按照某种规则从就绪队列中选择一个进程为其分配处理机
内存->CPU
最高
就 ...
无题
Principle and Applications of Artificial IntelligenceChapter 0 Introduction to AI 2025秋ContentsPreface 引子1 What is AI?2 AI-Model：Agents-Environments& The Structure of Agents3 Applied AI (应用)4 AI Progress5 AI：SOTA—大模型时代6 Reasoning & InferenceSummaryReferencesIntroduction to AIIntroduction to AI
Preface（引子）回顾历史：10+年前我国学者的认识• 2008年，我国学者在回顾中国人工智能发展过程时写道(王飞跃等，2008)：• 人工智能的发展一直流传着各种说法，诸如• 人工智能不热门了，走下坡路了• 要被其他学科取代了• 在国外的人工智能研究都申请不到基金资助了• 这些都是毫无根据的！人工智能是一门几乎在所有方面都具有重要应用的技术4我国学者当时对于人工智能发展的观点 当前( ...
